前列腺囊肿的形成原因较多，先天性因素是其中之一，在胚胎发育时期，前列腺导管狭窄闭锁，导致分泌物潴留，就可能形成囊肿，这种情况多见于儿童群体。
先天性发育异常导致
苗勒管退化不全： 在男性胎儿发育过程中，苗勒管如果退化不完全，就可能引发前列腺囊肿，这是先天性发育异常的一种表现。中肾导管残留： 中肾导管的残留组织在发育过程中，有可能逐渐形成囊肿，影响前列腺的正常结构和功能。
后天性因素影响
炎症刺激引发： 前列腺部位的慢性炎症长期存在，如前列腺炎等，会使前列腺腺管发生阻塞，分泌物淤积，进而形成囊肿。例如，一些慢性细菌性前列腺炎患者，如果病情控制不佳，就有较大可能出现前列腺囊肿。寄生虫感染导致： 像寄生虫如包虫等寄生在前列腺内，会引起前列腺管及周围发生慢性炎症，长期的炎症反应逐步形成囊肿。比如在一些畜牧地区，人群感染包虫的风险相对较高，就可能增加前列腺囊肿的发病几率。
其他因素作用
前列腺腺泡梗阻： 各种原因导致前列腺腺泡梗阻，使得腺泡内容物潴留，久而久之也会形成囊肿。比如前列腺增生等疾病可能会间接引起腺泡梗阻，从而增加前列腺囊肿的发生风险。生活习惯影响： 长期久坐、酗酒、食用辛辣刺激性食物等不良生活习惯，会影响前列腺的血液循环和正常代谢，可能为前列腺囊肿的形成创造条件。长期久坐会使前列腺局部血液循环不畅，增加前列腺疾病的发生概率，其中就包括前列腺囊肿。