前列腺囊肿通常是由多种因素引起的。先天性因素方面，在胚胎发育时期，中肾导管与中肾旁管发育异常，导致管腔部分扩张形成囊肿，这种情况多发生在中肾旁管囊肿，常位于前列腺后正中处。后天性因素中，前列腺腺泡梗阻是常见原因，比如老年人前列腺增生会使前列腺腺管开口处梗阻，腺管内的分泌物逐渐潴留，就可能形成囊肿；还有炎症性因素，前列腺慢性炎症会使腺泡发生纤维化，引起导管狭窄，分泌物潴留形成囊肿。
先天性发育异常导致
中肾导管异常：胚胎发育时，中肾导管的残留部分如果发生扩张，就可能形成囊肿，这种囊肿通常位置比较特殊，多位于前列腺两侧。中肾旁管异常：中肾旁管在发育过程中出现异常扩张，也会形成囊肿，一般常位于前列腺后正中处。
后天腺泡梗阻引发
前列腺增生影响：随着男性年龄增长，50岁以上男性前列腺增生的发生率逐渐升高，增生的前列腺组织会压迫尿道，导致前列腺腺管开口处梗阻，腺管内的分泌物无法正常排出，长时间积累就容易形成囊肿。炎症性因素作用：前列腺受到慢性炎症刺激时，炎症会使前列腺腺泡发生纤维化，进而引起导管狭窄，使得分泌物潴留，最终形成囊肿。比如患有慢性前列腺炎的患者，若没有得到有效控制，就有较大可能发展为前列腺囊肿。
寄生虫感染相关
寄生虫影响：如包虫寄生在前列腺内，会引起前列腺管及周围发生慢性炎症，逐渐形成囊肿。这种情况相对较少见，但一旦发生，也会导致前列腺囊肿的出现。