前列腺囊肿的形成原因较多，一般认为主要与先天性发育异常和后天性因素有关。先天性因素方面，比如中肾导管与中肾旁管发育异常，管腔部分扩张就可能形成囊肿。后天性的话，前列腺腺泡梗阻是常见原因之一，前列腺腺泡因炎症、结石等原因发生梗阻，分泌物潴留就容易形成囊肿。还有一种情况是寄生虫引起，比如寄生虫感染，像包虫能使前列腺管及周围发生慢性炎症，逐渐形成囊肿。
先天性发育异常相关
中肾导管异常：胚胎发育过程中，中肾导管如果出现异常的分化、融合等情况，就可能导致部分管腔扩张形成囊肿。这种先天性的结构异常从胚胎时期就已存在一定的发育偏差。中肾旁管异常：中肾旁管的发育异常也会参与前列腺囊肿的形成，其异常的发育过程使得管腔有扩张的趋势，进而可能形成囊肿结构。
后天性腺泡梗阻因素
炎症影响：前列腺的炎症反应会引发腺泡的改变，炎症细胞浸润等情况可能导致腺泡开口狭窄，使得分泌物排出受阻。例如慢性前列腺炎长期不愈，就可能逐渐引起腺泡梗阻。结石阻碍：前列腺内如果形成结石，结石会占据一定空间，阻碍腺泡的正常分泌物流出，长期下来就容易促使囊肿形成。结石的存在就像一个“障碍物”，影响了前列腺内部的正常排泄通道。
寄生虫感染相关
包虫感染：当人体感染包虫后，包虫会在前列腺管及周围组织中寄生，引起慢性炎症反应。炎症的持续刺激会让前列腺管及周围组织发生病变，逐渐形成囊肿。包虫感染在一些特定的流行地区相对更常见，人群感染后就可能出现这样的前列腺病变情况。