眨眼睛时眼睛痛可能原因包括：长时间凝视屏幕或书本致眼周肌肉僵化，眨眼时肌肉牵扯而痛，多眨几下眼活动可缓解；若经常眨眼痛且休息不缓解，可能由眼睛异物、眼部疾病或其他疾病导致。
一、眼睛异物：
1.灰尘、蚊虫等进入眼睛。
2.脱落的睫毛进入。
3.隐形眼镜长时间未更换。这些情况均可刺激眼睛致眨眼时疼痛。
二、眼部疾病：
1.结膜炎：各种原因引起结膜发炎，炎症刺激可致眼干、眼痛，眨眼时更明显。
2.角膜炎：角膜防御减弱时的炎症，可刺激眼球致干痒、疼痛及眼睑痉挛，造成眨眼眼部痛。
3.眼睑炎：临近组织炎症蔓延形成，眨眼时炎症对眼睑刺激更剧烈致痛。
4.其他疾病：如麦粒肿、虹膜睫状体炎等眼睛其他组织炎症，也会在眨眼时刺激眼睛致痛。此外，霰粒肿、倒睫、眼结石等会因刺激眼部神经致眨眼时痛及异物感。
三、其他部位疾病：
1.干燥综合症：患者因泪腺分泌黏蛋白减少致眼干、眼涩，眨眼时痛。
2.鼻窦炎：感染活动期或症状重时可向周围蔓延致头、面及眼睛痛，可能与眨眼无关。
此外，眼部外伤或中医所说上火等也可致眨眼时眼睛痛。此类症状不具特异性，若患者能短时间内通过休息缓解，多为眼部疲劳，无需特殊治疗；若部分患者症状持续或加重且痛感明显，应积极前往医院接受眼部检查和治疗。