毛囊炎的治疗药物有多种，一般局部外用药物较为常用，比如莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有较好的抗菌作用，能帮助减轻毛囊炎部位的炎症、杀灭病菌，通常可以每天外用2 - 3次。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 主要针对革兰阳性球菌引起的毛囊炎，能有效抑制细菌生长，适用于轻度毛囊炎患者。使用时直接涂抹在患处即可。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有良好的抗菌活性，能减轻毛囊炎导致的红肿、疼痛等症状，每天外用2 - 3次。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就可以发挥作用。它能抑制真菌细胞膜的合成，从而起到抗真菌的效果，一般每天外用1 - 2次。特比萘芬乳膏： 同样适用于真菌性毛囊炎，通过干扰真菌固醇的早期生物合成，达到杀灭或抑制真菌的作用，每天外用1次即可。
中药类外用药
如意金黄散： 这是一种中药制剂，具有清热解毒、消肿止痛的功效，可用于热毒蕴结引起的毛囊炎。使用时需要用醋或蜂蜜等调制成糊状，外敷在毛囊炎部位，每天可使用1 - 2次。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，能起到消肿、消炎、防腐的作用，对于毛囊炎初期有红肿疼痛的情况有一定缓解作用，外用时直接涂抹在患处，每天1 - 2次。在使用药物治疗毛囊炎时，要注意保持皮肤清洁，避免搔抓患处，以防感染加重。如果毛囊炎比较严重，或者外用药物效果不佳，可能需要结合口服药物治疗，但具体的口服药物使用需要医生根据病情来决定，比如细菌感染严重时可能会使用口服抗生素等，但一定要在医生的指导下进行。同时，不同类型的毛囊炎选择药物有所不同，所以最好先明确毛囊炎的病因是细菌感染还是真菌感染等情况后再选择合适的药物进行针对性治疗。