胃肠感冒主要是由病毒感染引起的，其中最常见的是柯萨奇病毒，约占80%左右，同时也可能由腺病毒、埃可病毒等其他病毒导致。
病毒感染途径
通过呼吸道侵入： 当人体抵抗力下降时，如受凉后，空气中的病毒容易通过呼吸道进入人体。比如在流感高发季节，在人员密集且通风不好的场所，就容易吸入含有病毒的飞沫而引发胃肠感冒。经消化道进入： 食用被病毒污染的食物或水，病毒会随着食物进入消化道，从而感染胃肠道。例如吃了不新鲜的海鲜、被污染的水果等，都可能让胃肠感冒病毒有可乘之机。
自身抵抗力因素
儿童群体： 儿童的免疫系统尚未完全发育成熟，相对成年人更容易患上胃肠感冒。比如3岁以下的幼儿，自身抵抗力较弱，在接触到病毒时，就更易受到侵袭。一般来说，5岁以下儿童胃肠感冒的发病率比成年人高不少。老年人： 老年人随着年龄增长，身体机能衰退，免疫系统功能也会下降。60岁以上的老年人，胃肠感冒的发生几率相对较高，而且恢复起来可能比年轻人更慢。
环境因素影响
气温突变： 当气温突然下降，如在秋冬季节交替时，人体没有及时添加衣物，受到寒冷刺激后，胃肠道的功能容易紊乱，同时抵抗力也会降低，这时候就容易引发胃肠感冒。比如在一天内气温从20℃左右骤降到10℃以下，就可能增加胃肠感冒的发病风险。潮湿环境： 长期处于潮湿的环境中，也有利于病毒的滋生和传播，从而增加胃肠感冒的发生概率。像南方的梅雨季，空气湿度大，若室内通风不佳，就为病毒创造了有利的生存环境，使人更易患上胃肠感冒。