肠胃感冒主要是由病毒感染引起的，其中最常见的是柯萨奇病毒，约占引发肠胃感冒病毒的一半左右。
病毒感染途径
通过消化道传播： 比如食用了被病毒污染的食物或水。例如，在一些卫生条件较差的地方，食物在种植、加工、储存过程中如果被柯萨奇病毒等污染，人吃了就容易引发肠胃感冒。接触传播： 接触了感染病毒的患者后，没有及时洗手，再用手触摸口鼻等部位，病毒就会进入体内。像在学校、幼儿园等人员密集场所，一个孩子感染了肠胃感冒病毒，很容易通过接触传播给其他孩子。
自身抵抗力因素
儿童抵抗力较弱： 儿童的免疫系统还没有完全发育成熟，相比成年人更容易受到病毒的侵袭。比如3岁以下的幼儿，肠胃功能和免疫功能都相对不完善，感染肠胃感冒病毒的几率就会比成年人高很多。免疫力低下人群： 患有基础疾病，如艾滋病、糖尿病等的人群，或者长期服用免疫抑制剂的人，他们的身体免疫力较低，对病毒的抵御能力减弱，也更容易患上肠胃感冒。例如，一位长期服用糖皮质激素治疗疾病的患者，就比正常人更易感染肠胃感冒病毒。
环境因素影响
气温突变： 当气温突然下降时，人体的呼吸道和胃肠道黏膜容易受到刺激，抵抗力下降，从而增加了感染肠胃感冒病毒的风险。比如在季节交替的时候，早晚温差较大，如果没有及时增减衣物，就可能引发肠胃感冒。潮湿环境： 过于潮湿的环境有利于病毒的存活和传播。比如一些地下室或者长期通风不良、比较潮湿的房间，病毒更容易在这样的环境中滋生，人在这样的环境中停留较长时间就容易感染肠胃感冒。