治疗肠炎并没有绝对最好的药物，需根据肠炎类型等因素选择。一般来说，感染性肠炎可能会用到抗生素等药物，非感染性肠炎用药不同。比如细菌性肠炎可能会用到喹诺酮类等抗生素，但儿童和孕妇等特殊人群使用有严格限制。
感染性肠炎常用药
细菌感染性肠炎：如果是细菌感染引起的肠炎，常用诺氟沙星等喹诺酮类抗生素，但18岁以下人群禁用诺氟沙星，因为可能影响软骨发育。病毒感染性肠炎：对于病毒感染导致的肠炎，一般没有特效抗病毒药物，主要是对症治疗，比如轮状病毒肠炎，主要靠补液等支持治疗。
非感染性肠炎常用药
炎症性肠病相关肠炎：像溃疡性结肠炎，可能会用到氨基水杨酸制剂，如柳氮磺吡啶，不过该药可能会引起恶心、呕吐等不良反应，且对磺胺类药物过敏者禁用。还有糖皮质激素，如泼尼松，但长期使用可能会有骨质疏松等副作用。肠易激综合征相关肠炎：对于肠易激综合征引起的肠炎，可能会用到调节肠道菌群的药物，如双歧杆菌四联活菌片，它能调节肠道菌群平衡，但冷藏保存才能保证活性。还可能用到解痉药，如匹维溴铵，它可以缓解肠道痉挛，但孕妇要慎用。
特殊人群用药注意
儿童肠炎用药：儿童肠炎用药需格外谨慎，比如细菌性肠炎如果用抗生素，像头孢类抗生素，要根据儿童体重等情况选择合适的剂型和剂量，而且要注意可能出现的过敏反应，2岁以下儿童使用某些药物更要严格遵医嘱。老年人肠炎用药：老年人肠炎用药时要考虑其肝肾功能减退的情况，比如使用一些经肝肾代谢的药物，要调整剂量，避免药物在体内蓄积产生不良反应，像一些抗生素在老年人中使用时要监测肾功能。