扁平尤是由人类乳头瘤病毒（HPV）感染引起的良性赘生物，目前并没有绝对能“根治”且适用于所有人的单一方法，但可以通过多种方式来处理。一般来说，可通过物理治疗、药物治疗等方法改善，不过治疗后有复发可能。
物理治疗方式
冷冻治疗： 利用低温使疣体坏死脱落。通常是用液氮接触疣体，可能需要多次治疗，一般每次间隔2 - 3周，适用于数目较少的扁平尤。激光治疗： 用激光的高能量烧灼疣体，使其去除。操作相对快速，但治疗后局部可能会有轻度肿胀、疼痛，需要注意保持创面清洁，预防感染。
药物治疗情况
外用药物： 可以使用维A酸类药物，如维A酸乳膏，它能调节表皮细胞的更新，促使疣体脱落，但起效相对较慢，可能需要连续使用数周甚至数月。还有5%的5 - 氟尿嘧啶软膏，不过此药可能会引起局部刺激等不良反应。免疫调节剂： 对于一些反复发作或者难治性的扁平尤，可考虑使用免疫调节剂，如干扰素，它可以调节机体免疫功能，抑制病毒复制，但使用时可能会有发热、乏力等不良反应。
生活注意事项
增强免疫力： 平时要注意保持良好的生活习惯，保证充足的睡眠，一般建议成年人每天睡眠7 - 8小时左右，适当进行体育锻炼，如每周进行3 - 5次，每次30分钟以上的有氧运动，有助于提高身体免疫力，利于扁平尤的恢复和预防复发。避免搔抓： 扁平尤患处不要搔抓，因为搔抓可能会导致病毒自身接种，使疣体数目增多，扩散到身体其他部位。注意个人卫生： 要注意个人卫生，不与他人共用毛巾、脸盆等个人物品，防止交叉感染。