头孢丙烯与头孢克肟都属于头孢菌素类抗生素，但它们在抗菌谱、药代动力学等方面存在区别。一般来说，头孢丙烯的口服生物利用度约为95%，头孢克肟口服后吸收迅速，生物利用度约为40% - 50%。
抗菌谱方面的区别
头孢丙烯：主要对革兰阳性菌有较好的抗菌活性，对肺炎链球菌、化脓性链球菌等革兰阳性球菌的作用较强。例如，对于一些由肺炎链球菌引起的轻度呼吸道感染，头孢丙烯有一定的抗菌效果。头孢克肟：抗菌谱相对较广，不仅对革兰阳性菌有作用，对部分革兰阴性菌也有较好的抗菌活性。像流感嗜血杆菌、卡他莫拉菌等革兰阴性菌对头孢克肟比较敏感，常用于治疗由这些革兰阴性菌引起的感染，如呼吸道感染、泌尿系统感染等。
药代动力学方面的区别
头孢丙烯：口服后吸收良好，不受进食影响，药物血浆蛋白结合率约为36%，半衰期约为1.3 - 1.7小时。它在体内分布较广，可分布到痰液、中耳分泌物等部位。头孢克肟：口服吸收受食物影响，餐后服用吸收较好，血浆蛋白结合率约为65%，半衰期约为3 - 4小时。其在体内的分布也较为广泛，能进入胆汁、尿液等多种体液中。
临床应用方面的区别
头孢丙烯：临床上主要用于治疗敏感菌引起的轻、中度感染，如成人社区获得性肺炎、急性鼻窦炎、咽炎、扁桃体炎等，以及皮肤和软组织感染等。对于一些革兰阳性菌感染引起的轻中度感染，是常用的药物之一。头孢克肟：常用于治疗敏感菌所致的呼吸系、泌尿系、胆道等感染。比如，对于由敏感菌引起的慢性支气管炎急性发作、急性支气管炎并发细菌感染、支气管扩张合并感染、肺炎等呼吸道感染，以及肾盂肾炎、膀胱炎、淋球菌性尿道炎等泌尿系统感染有较好的疗效。