头孢克肟与头孢丙烯都是头孢类抗生素，但它们有一些区别。一般来说，头孢克肟对部分革兰阴性菌的抗菌活性相对较强，而头孢丙烯对部分革兰阳性菌的作用可能略有不同。
抗菌谱方面
头孢克肟：主要对链球菌属（肠球菌除外）、肺炎球菌、淋球菌、卡他布兰汉球菌、大肠杆菌、克雷伯杆菌属、沙雷菌属、变形杆菌属及流感杆菌等有良好的抗菌作用。比如在治疗一些由流感杆菌引起的呼吸道感染等疾病时可能会用到。头孢丙烯：对革兰阳性菌中的金黄色葡萄球菌（包括产β-内酰胺酶菌株）、肺炎链球菌、化脓性链球菌有较强的抗菌活性；对革兰阴性菌中的流感嗜血杆菌（包括产β-内酰胺酶菌株）、卡他莫拉菌（包括产β-内酰胺酶菌株）有良好的抗菌作用。像一些由金黄色葡萄球菌引起的轻度感染可能会考虑使用头孢丙烯。
药代动力学方面
头孢克肟：口服后吸收迅速，约40% - 50%被吸收。食物对其吸收影响不大，但空腹服用时吸收相对更快一些。头孢丙烯：口服吸收良好，约90%可被吸收。进食对其吸收的影响不大，不管是空腹还是饭后服用，吸收情况相对比较稳定。
不良反应方面
头孢克肟：可能出现的不良反应有腹泻、皮疹、药物热等，少数人可能会出现转氨酶升高等情况。头孢丙烯：常见的不良反应是胃肠道反应，如腹泻、恶心、呕吐等，也可能出现皮疹、荨麻疹等过敏反应，不过一般发生率相对较低，而且大多症状比较轻微。
适用疾病方面
头孢克肟：常用于治疗敏感菌所致的呼吸系感染如肺炎、支气管炎、膀胱炎、尿道炎等疾病。例如，对于一些由敏感菌引起的急性支气管炎，医生可能会根据情况选择头孢克肟进行治疗。头孢丙烯：可用于治疗敏感菌引发的上呼吸道感染如咽炎、扁桃体炎，下呼吸道感染如急性支气管炎、肺炎等疾病。比如对于轻度的肺炎链球菌引起的社区获得性肺炎，可能会考虑使用头孢丙烯来进行抗感染治疗。