水丸和蜜丸存在诸多区别。水丸是在汤剂基础上发展而来，也称水泛丸，是用药物细粉以冷开水、药汁或其他液体作粘合剂制成的小球形丸剂，具有容易崩解、吸收较快、丸粒较小、服用方便的特点，适合慢性患者长期服用。蜜丸则是由一种或多种药物粉末与经炼制的蜂蜜混合制成的球形内服固体制剂，其性质柔软，作用缓和，多用于慢性病和需要滋补的疾患，蜜丸有大蜜丸和小蜜丸之分，大蜜丸一般重3至9克，小蜜丸与水丸类似。
具体来看，二者有以下不同：
一、制作材料不同
1.水丸是将药粉与水或醋等混合。
2.蜜丸是与蜂蜜混合。
二、制作方式不同
1.水丸颗粒较小，是直接使用水将药物进行固缩。
2.蜜丸是使用蜂蜜进行药丸的熬制。
三、特性不同
1.水丸体积小，易吞服，易溶解，易保存，吸收快。
2.蜜丸药效较慢，但作用时间持久，一般为滋补类药物。
总之，水丸和蜜丸在制作材料、制作方式和特性等方面都存在明显差异，在使用时需根据具体情况进行选择。