水丸和蜜丸的区别主要在于制作方法、形状、服用方法和功效上有所不同。
水丸是将药材细粉用冷开水、药汁或其他液体为粘合（润湿）剂制成的小球形丸剂；而蜜丸则是将药材细粉用炼制过的蜂蜜为粘合剂制成的丸剂。水丸的形状为圆形或扁圆形，体积较小；蜜丸的形状为圆球形，体积较大。水丸一般以吞服或冲服为主；蜜丸大多以嚼服或用温水送服。水丸吸收较快，作用迅速，但易变质；蜜丸服用方便，吸收缓慢，作用持久，但体积较大，不便服用。
在功效方面，水丸和蜜丸也有所侧重。水丸常用于治疗感冒、发热、咳嗽等急性病症；蜜丸则多用于治疗慢性病、虚弱性疾病以及滋补调养等。
总的来说，水丸和蜜丸各有特点，应根据病情和个人需求选择合适的剂型。在服用时，应按照说明书或医生的建议进行，以确保药效和安全。