隐匿性阴茎的病因包括先天性因素和后天性因素。先天性因素主要有两点：一是阴茎内膜发育异常，其伸缩性良好，若小孩阴茎内膜增厚、增粗，会致使纤维索带失去弹性，从而限制阴茎伸缩；二是阴茎内膜附着异常，附着于阴茎体前端或阴茎颈，会使阴茎外观呈锥形，这主要归因于怀孕早期使用保胎药物如黄体酮、保胎中药等，此外接触雌激素物质也可能引发。后天性因素中较为常见的是包皮环切术后因瘢痕性狭窄束缚阴茎，使其不能向前增长。另外，肥胖也是常见原因，肥胖儿童耻骨前脂肪大量堆积，阴茎隐匿于脂肪之下，导致阴茎外观短小。
一、先天性因素
1.阴茎内膜发育异常：阴茎内膜正常情况下是有很好伸缩性的。当出现小孩阴茎内膜增厚、增粗的情况时，相关的纤维索带就会失去弹性，进而导致阴茎的伸缩受到限制，这是先天性因素中的一个重要方面。
2.阴茎内膜附着异常：这种异常表现为阴茎内膜附着在阴茎体前端或者阴茎颈部位，结果就是阴茎外观呈现出锥形。其产生原因主要是在怀孕早期的时候，孕妇使用了一些保胎药物，像黄体酮、保胎中药等。同时，孕妇接触到雌激素物质也有可能导致这种情况的发生。
二、后天性因素
1.包皮环切术后瘢痕性狭窄：如果进行了包皮环切术，之后出现了瘢痕性狭窄的情况，那么就会束缚阴茎，使其不能向前正常增长。
2.肥胖：在后天性因素中，肥胖是比较常见的。肥胖儿童的耻骨前会有特别多的脂肪，这样阴茎就会隐匿于这些脂肪之下，从而造成阴茎外观看起来短小。
总之，隐匿性阴茎的病因可分为先天性和后天性，各自有着不同的具体表现和形成原因。