胎儿停止发育的原因有多种。据统计，约50%-60%的早期胚胎停止发育是由于染色体异常导致的。
染色体因素：
父母染色体异常： 如果父母双方有一方存在染色体结构或数目异常，就有可能遗传给胎儿，从而引发胎儿停止发育。比如平衡易位的携带者，他们的生殖细胞在形成受精卵时，很容易出现染色体搭配异常，影响胚胎正常发育。胎儿自身染色体异常： 受精卵在分裂过程中发生染色体突变，也会造成胎儿染色体异常，使得胚胎无法正常生长发育，最终停止发育。
母体因素：
内分泌失调： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。例如，黄体功能不全时，黄体分泌的孕激素不足，不能为胚胎着床和发育提供良好的环境，就容易导致胎儿停止发育。一般来说，黄体期小于11天就可能存在黄体功能不全的情况。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退会使机体代谢率降低，影响胚胎的生长发育；甲状腺功能亢进时，过高的甲状腺激素水平也可能干扰胚胎的正常发育进程。子宫异常： 子宫是孕育胎儿的场所，如果子宫存在畸形，如纵隔子宫、双角子宫等，会影响胚胎的着床和发育空间；子宫内膜息肉会影响内膜的容受性，阻碍胚胎着床；子宫肌瘤如果生长位置不好，如黏膜下肌瘤，也可能干扰胎儿的正常发育，导致胎儿停止发育。
免疫因素：
自身免疫异常： 母体自身产生的一些抗体可能攻击胚胎组织。比如抗磷脂抗体综合征，体内的抗磷脂抗体可与胎盘滋养细胞结合，影响胎盘的血液供应，使胎儿得不到充足的营养和氧气供应，进而导致胎儿停止发育。同种免疫异常： 母体对胎儿的免疫耐受不足，免疫系统将胎儿视为外来异物进行攻击，也会引发胎儿停止发育。这种情况在反复发生胎儿停止发育的女性中较为常见。
环境因素：
化学物质接触： 孕妇长期接触一些有害的化学物质，像苯、甲醛等，这些物质可能会损害胚胎细胞的DNA，干扰胚胎的正常发育过程，增加胎儿停止发育的风险。例如，在甲醛浓度超标的环境中工作或生活一段时间后，就可能对胚胎产生不良影响。辐射影响： 过量的辐射暴露，如孕妇接受过X线检查且剂量较高，或者长期处于辐射环境中，辐射会破坏胚胎的细胞结构和遗传物质，导致胎儿停止发育。一般诊断性的X线检查剂量相对较低，但如果是大剂量的辐射照射，就会对胚胎造成严重危害。