胎儿停止发育的原因有多种，大约15%-20%的妊娠会发生胚胎停止发育。
染色体异常导致
胚胎自身染色体异常： 这是最常见的原因之一，约占50%-60%。比如夫妻一方染色体存在平衡易位、倒位等情况，就可能遗传给胎儿，导致胎儿染色体异常，从而引发停止发育。父母染色体异常： 如果父母双方有一方染色体存在结构或数目异常，也会增加胎儿染色体异常的几率，进而导致胎儿停止发育。
母体因素影响
内分泌失调： 像黄体功能不全，会使孕酮分泌不足，无法维持胚胎的正常发育，大约有20%的胚胎停止发育与黄体功能不全有关。甲状腺功能异常，无论是甲亢还是甲减，都可能影响胚胎的生长环境，导致胎儿停止发育。子宫异常： 子宫畸形，如单角子宫、双角子宫等，会影响胚胎着床和发育空间。子宫内膜息肉、子宫肌瘤等宫腔病变，也会干扰胚胎的正常生长，增加胎儿停止发育的风险。
外界不良因素作用
环境因素： 孕妇长期接触过多的放射线，比如在放射科工作且防护不当，或者长时间处于含有甲醛、苯等有毒有害物质的环境中，都可能导致胎儿停止发育。不良生活习惯： 孕妇过度吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精都会对胎儿的发育产生不良影响，增加胎儿停止发育的可能性。另外，孕妇滥用药物，一些药物具有致畸性，也可能引发胎儿停止发育。