胎儿停止发育的原因较多，大约10%-15%的妊娠会发生胎儿停止发育。
染色体异常导致
胚胎自身染色体异常： 这是最常见的原因之一。约50%-60%的早期流产是由于胚胎染色体异常引起。比如染色体数目异常，像21-三体、18-三体等，或者染色体结构异常，都会影响胚胎正常发育，导致胎儿停止发育。父母染色体异常： 若父母一方存在染色体平衡易位等情况，也可能遗传给胚胎，从而引发胎儿停止发育。例如父亲或母亲携带平衡易位染色体，传递给胚胎后，就可能干扰胚胎正常的生长发育进程。
母体因素影响
内分泌失调： 如黄体功能不全，女性体内孕酮分泌不足，会影响子宫内膜着床和发育，一般怀孕前3个月孕酮水平需维持在一定范围，若低于正常水平，就容易导致胎儿停止发育。还有甲状腺功能异常，甲状腺功能减退或亢进都会影响胎儿的生长发育，甲状腺激素对胎儿的神经系统和骨骼发育至关重要，甲状腺功能异常时，会打破激素平衡，影响胎儿发育。母体疾病： 孕妇患有严重的全身性疾病，像严重的糖尿病未控制好，高血糖会影响胎盘的血供和胎儿的代谢；慢性肾炎、高血压等疾病，也会因为影响胎盘血液循环，导致胎儿缺氧、发育受限，甚至停止发育。另外，孕妇感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒等，也可能通过胎盘感染胎儿，引起胎儿停止发育。
子宫环境问题
子宫解剖异常： 子宫畸形，比如纵隔子宫、双角子宫等，会影响子宫腔的形态，使胚胎着床和发育的空间受限。还有子宫内膜息肉、子宫肌瘤等，若息肉较大或肌瘤位置影响宫腔环境，也可能干扰胚胎的正常生长。例如黏膜下子宫肌瘤，会阻碍胚胎着床，即使着床后也可能影响胎盘的形成和血供，导致胎儿停止发育。宫腔粘连： 多次人工流产等原因导致宫腔粘连，会使子宫内膜受损，内膜厚度不足，无法为胚胎提供良好的着床和营养供应环境，从而增加胎儿停止发育的风险。
免疫因素作祟
自身免疫异常： 孕妇体内存在抗磷脂抗体等自身抗体，会攻击胎盘的血管，导致胎盘血管栓塞，影响胎盘的血液灌注，使胎儿得不到充足的营养和氧气供应，进而引起胎儿停止发育。同种免疫异常： 母体对胚胎的免疫排斥反应过强，也可能导致胎儿停止发育。正常情况下，母体对胚胎有一定的免疫耐受，但当这种耐受被打破，免疫排斥反应增强时，就会攻击胚胎，使其无法正常发育。