肛门闭锁的成因较为复杂，并非一定由染色体异常导致，其原因包括多种。这是一种先天性直肠肛门畸形病变，即出生后肛管缺失，致使直肠与外界无连通，会有诸如无便、腹胀、腹痛等表现。
一、是染色体异常：
1.可能源于染色体异常的遗传因素。若父母双方携带相关病变基因，或者发生基因突变，导致胚胎存在染色体、基因表达缺陷，便可能出现肛门闭锁。可通过染色体、基因筛查来明确病因。但针对基因层面的问题无法进行治疗，还是需要进行手术修复。
二、不是染色体异常：
1.母亲怀孕时如果长期处在辐射量大、化学污染严重等环境中，或者母亲自身有抽烟等行为，可能使胚胎在时期接触过量有害物质，从而出现肛门闭锁等发育畸形情况。
2.也有可能是母亲怀孕时受到巨细胞病毒感染、EB病毒感染等，或者怀孕时使用了某种药物，而这些药物或病毒能通过胎盘屏障对胚胎产生不利影响，致使胚胎发育畸形，同样会导致肛门闭锁。
总之，肛门闭锁的产生既有可能是染色体异常，也有可能是其他多种因素所致，需要准确诊断和恰当处理。