孕妇甲减会对胎儿产生多方面不良影响，研究表明，孕妇临床甲减未经治疗时，约30%的胎儿可能出现智力发育受损等问题。
对胎儿神经系统发育的影响
胎儿脑发育关键期受影响： 在胎儿发育的前12周，其自身的甲状腺功能尚未完全建立，此时依赖母体的甲状腺激素来支持脑的正常发育。如果孕妇甲减，母体不能为胎儿提供充足的甲状腺激素，就会影响胎儿脑神经细胞的增殖、迁移、分化等过程。有研究发现，孕妇甲减未控制时，胎儿出生后智力测试得分可能低于正常孕妇所生胎儿。影响大脑皮层发育： 甲状腺激素对大脑皮层的发育至关重要，它能促进神经细胞树突和轴突的发育，以及突触的形成。孕妇甲减会使胎儿大脑皮层发育受限，可能导致胎儿出生后认知功能障碍，如学习能力、注意力等方面出现问题。
对胎儿生长发育的影响
胎儿生长迟缓： 甲状腺激素参与胎儿的生长发育过程，包括骨骼的生长和身体各器官的发育。孕妇甲减时，胎儿获取的甲状腺激素不足，会影响其生长激素的分泌和作用，导致胎儿生长受限。临床观察发现，孕妇临床甲减未经治疗的情况下，约15% - 20%的胎儿会出现胎儿生长迟缓的情况，表现为胎儿的双顶径、股骨长等指标低于正常孕周的胎儿。影响骨骼发育： 甲状腺激素对骨骼的生长板发育有调节作用，孕妇甲减会干扰胎儿骨骼的正常发育，可能导致胎儿出生后骨骼发育异常，如骨龄落后等情况。
对胎儿甲状腺功能的影响
胎儿自身甲状腺功能建立受阻： 孕妇甲减会使胎儿在获取母体甲状腺激素不足的情况下，自身甲状腺功能的建立受到阻碍。胎儿自身合成甲状腺激素的过程需要促甲状腺激素（TSH）的调节，而母体甲减导致的甲状腺激素水平异常，会干扰胎儿促甲状腺激素的正常分泌和作用，进而影响胎儿自身甲状腺的正常发育和功能完善。增加胎儿先天性甲减风险： 孕妇甲减未得到有效控制时，胎儿出生后发生先天性甲状腺功能减退症的风险会明显增加。据统计，孕妇临床甲减未经治疗时，胎儿出生后患先天性甲减的风险较正常孕妇高5 - 10倍。