葡萄胎的发生原因目前尚不十分明确，一般认为可能与以下几方面因素有关。首先，营养因素是一个重要方面，比如饮食中缺乏维生素A以及胡萝卜素和动物脂肪，可能会增加葡萄胎的发生风险。据研究发现，在饮食中维生素A水平较低的人群，葡萄胎的发生率相对较高。
染色体异常因素
完全性葡萄胎： 染色体核型大多为二倍体，全部染色体来自父系，常见核型是46，XX，是由一个细胞核基因物质缺失或失活的空卵与一个单倍体精子（23，X）受精，然后精子的染色体发生复制而成。还有少数完全性葡萄胎的核型是46，XY，这是由一个空卵在受精时和两个单倍体精子（23，X和23，Y）结合而成。部分性葡萄胎： 染色体核型多数为三倍体，最常见的核型是69，XXY，是由一正常单倍体卵子（23，X）和两个正常单倍体精子（23，X）受精，或者是由一正常单倍体精子（23，X或23，Y）和卵子减数分裂缺陷所产生的双倍体卵子（46，XX）受精而成。
卵巢功能失调因素
女性的卵巢功能如果出现失调，也可能与葡萄胎的发生有关。比如年龄是一个重要的相关因素，年龄大于35岁和小于20岁的女性发生葡萄胎的几率相对较高。数据显示，年龄大于35岁的女性葡萄胎发生率比年轻女性高10倍左右，而小于20岁的女性葡萄胎发生率也相对较高。另外，曾经有过葡萄胎妊娠史的女性，再次发生葡萄胎的风险也会增加，有过一次葡萄胎妊娠的女性，再次发生葡萄胎的几率约为1%；有过两次葡萄胎妊娠史的女性，再次发生的几率则会升高到15% - 20%。