月经期最后两天流褐色时不应该同房，因为此时月经尚未完全干净，若同房可能引发多种不良后果，对健康不利。若要同房，应在月经彻底干净后进行。以下是具体可能出现的情况：
一、阴道炎：
1.月经期间女性免疫力相对较低，若同房前后个人卫生不佳，易使细菌等病原体滋生并刺激阴道，从而引发阴道炎。
2.治疗上需遵医嘱使用甲硝唑栓、替硝唑栓等进行抗感染。
二、宫颈炎：
1.细菌等可能从阴道上行感染并刺激宫颈，这与月经期同房有一定关联。
2.此时应在医生指导下使用盐酸左氧氟沙星胶囊、头孢克肟片等药物。
三、子宫内膜炎：
1.月经期子宫内膜仍在脱落，此时同房可能导致子宫内膜感染。
2.改善病情需遵医嘱使用阿莫西林胶囊、头孢克肟片等药物。
四、痛经：
1.此时同房若动作激烈，可能导致子宫收缩而出现腹部疼痛。
2.可在医生指导下使用布洛芬胶囊、对乙酰氨基酚片等缓解不适。
五、子宫内膜异位症：
1.同房过程中可能因经血逆流，造成子宫内膜异位到其他位置。
2.这种情况可能需通过手术切除病变来彻底改善病情。
此外，还可能导致子宫腺肌病或不孕症等。为避免不利影响，建议暂停同房。若同房后出现不适，应及时到医院妇产科就诊，配合医生进行体格检查、白带常规检查等以明确诊断。
总之，月经期未完全结束时同房存在诸多健康风险，应谨慎对待，以免引发不良后果。