肛窦炎可使用抗生素类药物等进行治疗，一般可选用甲硝唑等药物。通常根据病情选择合适药物，部分患者经药物治疗可改善症状。
抗生素类药物应用
甲硝唑： 属于硝基咪唑类抗生素，对厌氧菌有较好的抗菌作用。肛窦炎多与厌氧菌感染有关，甲硝唑能抑制厌氧菌的生长繁殖，从而缓解炎症。一般可口服甲硝唑片，但儿童使用需谨慎，2岁以下儿童不建议使用。头孢类抗生素： 如头孢拉定等，属于广谱抗生素。如果肛窦炎合并有细菌感染，可根据病情选用。不过使用头孢类抗生素前需询问患者是否有头孢类药物过敏史，有过敏史者禁用。
局部外用药物
痔疮栓： 部分痔疮栓也可用于肛窦炎的治疗，如复方角菜酸酯栓。它能起到消肿、止痛、止血的作用，局部使用可直接作用于肛窦部位，减轻炎症引起的疼痛、坠胀等症状。使用时需注意按照正确的方法纳入肛门。中药坐浴药物： 一些中药煎剂坐浴也可辅助治疗肛窦炎，例如用苦参、黄柏等中药煎水坐浴。中药坐浴可以清洁肛门局部，促进血液循环，减轻炎症反应。一般每天可坐浴1 - 2次，每次15 - 20分钟左右。
对症治疗药物
止痛药物： 当肛窦炎引起明显疼痛时，可适当使用止痛药物，如布洛芬缓释胶囊。但止痛药物只是暂时缓解疼痛症状，不能从根本上治疗肛窦炎。需要注意的是，布洛芬对胃肠道有一定刺激，有胃肠道疾病的患者要谨慎使用。通便药物： 保持大便通畅对肛窦炎的恢复很重要，如果患者存在便秘情况，可使用通便药物，如乳果糖口服溶液。乳果糖口服溶液可以调节肠道渗透压，使大便变稀，易于排出。但长期使用通便药物可能会产生依赖，所以一般建议通过调整饮食等方式来维持大便通畅为主，必要时短期使用通便药物。