口腔溃疡治疗没有绝对最快最好的药，不过可以根据不同情况选择合适药物。一般来说，局部用药能较快缓解症状，比如使用西地碘含片，它能在局部杀菌消炎，帮助促进溃疡愈合，通常使用后1 - 2天能感觉到不适减轻。
局部外用药物
含漱剂： 氯己定含漱液是比较常用的，它能减少口腔细菌，抑制菌斑形成，对于细菌感染引起的口腔溃疡有一定作用。使用时按照说明书稀释后含漱，每天2 - 3次。含片类： 除了西地碘含片，还有溶菌酶含片，它能分解细菌细胞壁，使细菌溶解死亡，从而发挥抗菌、消肿、止血等作用，帮助口腔溃疡修复。
促进愈合类药物
溃疡散剂： 冰硼散是传统的治疗口腔溃疡的散剂，它由冰片、硼砂、朱砂等组成，有清热解毒、消肿止痛的功效，直接撒在溃疡面上能缓解疼痛，促进溃疡愈合。不过儿童使用时要注意，因为其中可能含有朱砂等成分，低龄儿童需谨慎。凝胶类： 重组人表皮生长因子凝胶也可用于口腔溃疡，它能促进皮肤和黏膜创面愈合，涂抹在溃疡处，能加速溃疡部位细胞的增殖、分化，加快愈合过程。
缓解疼痛类药物
局部止痛膜： 复方苯佐卡因凝胶膜，它含有苯佐卡因，能起到局部麻醉作用，涂抹在溃疡表面后，能快速缓解口腔溃疡带来的疼痛，让患者感觉舒适些，但不能长期大量使用。止痛含片： 还有一些含有止痛成分的含片，比如含有苯佐卡因的含片，含服后能迅速麻痹神经末梢，减轻口腔溃疡引起的疼痛，不过使用时要注意按照正确剂量，避免过量。
补充维生素类药物辅助治疗
如果是缺乏维生素引起的口腔溃疡，可以适当补充维生素类药物。比如维生素B₂片，它参与体内许多代谢过程，缺乏时容易引起口腔溃疡等症状。一般每天服用3次，每次1 - 2片，但最好在医生指导下使用，因为过量服用也可能有不良反应。