口腔溃疡的治疗药物需根据具体情况选择，一般来说，局部用药较为常用。例如，西瓜霜喷剂是常见的治疗口腔溃疡的药物，它能在一定程度上缓解疼痛、促进溃疡愈合，通常使用后1~2天能感觉到症状有所改善。
局部外用药
含漱剂：氯己定含漱液是比较常用的含漱剂，它可以杀菌消炎，帮助减轻口腔溃疡局部的炎症反应。使用时取适量含漱，一天可使用2~3次。凝胶类药物：苯佐卡因凝胶能起到止痛的作用，在溃疡疼痛明显时可以使用，能快速缓解疼痛，但不建议频繁大量使用。
促进愈合类药物
重组人表皮生长因子凝胶：它可以促进口腔溃疡创面的愈合，通过刺激细胞的增殖和迁移来加速溃疡的修复过程。一般每天涂抹2~3次在溃疡表面。维生素类药物：维生素C片研成粉末涂于溃疡处，也有一定促进愈合的作用，因为维生素C参与机体的多种代谢，对黏膜修复有帮助。
调节免疫类药物
转移因子口服溶液：对于一些反复发作的口腔溃疡，转移因子口服溶液可以调节机体的免疫功能，减少口腔溃疡的复发频率。但它需要在医生的指导下使用，适用于免疫功能低下导致口腔溃疡反复的人群。胸腺肽肠溶片：同样是调节免疫的药物，可用于免疫功能异常引起口腔溃疡的患者，不过儿童使用时需要谨慎，要根据体重等情况在医生评估后使用。
注意事项
如果口腔溃疡持续超过2周不愈合，或者溃疡面积较大、疼痛剧烈且伴有其他症状（如发热、皮疹等），应及时就医，排查是否有其他疾病引起，不能自行长期依赖药物治疗。同时，在使用药物治疗口腔溃疡时，要注意保持口腔清洁，饭后及时漱口，避免食用辛辣、刺激性食物，以免加重溃疡的疼痛和不适。对于儿童患者，使用药物时要格外小心，避免误服，且儿童口腔溃疡用药需在成人监护下进行，尽量选择儿童适用的剂型。