肾炎的主要原因有多种。其中，免疫因素是常见的一方面，比如自身免疫紊乱时，免疫系统错误地攻击肾脏组织，就可能引发肾炎，这种情况在一些自身免疫性疾病相关的肾炎中较为突出。感染也是重要诱因，像细菌感染，比如链球菌感染后1 - 3周左右，部分人可能出现急性肾炎；病毒感染如乙肝病毒等，也可能引发相关的肾炎病变。
自身免疫因素相关
自身免疫紊乱引发： 人体的免疫系统本是抵御外来病原体的，但当自身免疫紊乱时，免疫系统会把肾脏组织当作外来的“敌人”进行攻击。例如系统性红斑狼疮患者，约有50% - 70%会出现肾脏受累，进而引发狼疮性肾炎，这就是自身免疫因素导致肾炎的典型例子。
感染相关因素
细菌感染诱发： 链球菌感染是比较常见的引发肾炎的细菌感染类型。当人体感染A组β溶血性链球菌后，大约有10% - 20%的人会在1 - 3周左右出现急性肾小球肾炎。比如儿童和青少年相对更容易在链球菌感染后引发这类肾炎。病毒感染关联： 一些病毒感染也可能和肾炎产生关联，像乙肝病毒感染。乙肝病毒可以通过免疫复合物沉积在肾脏，从而引起乙肝相关性肾炎。据统计，在乙肝患者中，有一定比例会出现肾脏受累的情况。
其他因素影响
遗传因素影响： 部分肾炎具有遗传倾向。比如遗传性肾炎（Alport综合征），它是一种单基因遗传性疾病，由编码胶原蛋白的基因发生突变引起，患者多在儿童期或青少年期逐渐出现血尿、肾功能进行性减退等肾炎相关表现。药物因素影响： 某些药物也可能导致肾炎。比如一些抗生素，像青霉素类抗生素，个别人群使用后可能出现过敏反应相关的肾损伤；还有含马兜铃酸的中药，长期服用可能引起马兜铃酸肾病，这也是肾炎的一种类型。