肾炎的原因有多种。原发性肾炎部分可能与自身免疫紊乱有关，比如约30% - 40%的原发性肾小球肾炎发病机制涉及自身免疫系统错误攻击肾脏组织。而继发性肾炎则有不同诱因，像糖尿病肾病，通常是糖尿病病史超过10年以上的患者，高血糖会损伤肾脏血管和肾小球，逐渐引发肾炎；系统性红斑狼疮患者中，约50% - 70%会出现狼疮性肾炎，这是因为系统性红斑狼疮是自身免疫性疾病，体内产生的自身抗体攻击包括肾脏在内的多个器官组织。
感染相关因素
细菌感染： 链球菌感染是比较常见的引发肾炎的细菌因素。比如A组β溶血性链球菌感染后1 - 3周，可能会引发急性肾小球肾炎。像皮肤感染（如脓疱疮）或者上呼吸道感染（如咽炎）由该细菌引起时，就有引发肾炎的风险。病毒感染： 乙肝病毒感染也可能导致肾炎，乙肝病毒相关肾炎约占儿童肾炎的10%左右，乙肝病毒可以通过免疫复合物沉积在肾脏导致肾脏损伤。
代谢性因素
高血压： 长期高血压会使肾小球内压力增高，导致肾小球动脉硬化，进而影响肾脏的滤过功能。一般来说，血压持续高于140/90mmHg，经过多年后就可能逐渐引发高血压性肾损害，属于肾炎相关的代谢性因素。高尿酸血症： 血尿酸升高时，尿酸盐结晶会沉积在肾脏间质和肾小管，引起肾脏炎症反应，长期高尿酸血症的患者中约有5% - 10%会发展为尿酸盐性肾病，属于肾炎的代谢性诱因之一。
药物与毒物因素
药物： 某些抗生素可能会引起肾炎，比如青霉素类抗生素，虽然发生概率较低，但个别人群使用后可能出现过敏反应导致间质性肾炎。还有含马兜铃酸的中药，长期服用含有这类成分的中药，如关木通等，会损伤肾小管间质，逐渐引发肾炎。毒物： 重金属中毒也会导致肾炎，像汞中毒，汞进入人体后会通过血液循环到达肾脏，损伤肾脏细胞，引起肾脏炎症病变；铅中毒也可能损伤肾脏，导致铅毒性肾病，影响肾脏的正常功能。