炎症性肠病的治疗方法多样，常用的包括药物治疗、手术治疗等。一般来说，药物治疗是基础手段。
药物治疗
氨基水杨酸制剂：
5-氨基水杨酸：适用于轻中度炎症性肠病，能抑制炎症介质的产生。例如柳氮磺吡啶，可在肠道分解出5-氨基水杨酸发挥作用，但部分患者可能会出现恶心、呕吐等胃肠道不适。美沙拉嗪：也是常用的5-氨基水杨酸制剂，有多种剂型，如缓释片、灌肠剂等。灌肠剂适用于左半结肠病变的患者，能直接作用于病变部位，局部抗炎效果较好。
糖皮质激素：
泼尼松：对于中重度炎症性肠病有较好的抗炎作用。一般开始剂量为每日30 - 60毫克，根据病情逐渐调整剂量。但长期使用可能会引起如骨质疏松、血糖升高、感染风险增加等不良反应，比如长期使用可能导致患者骨密度降低，增加骨折风险。布地奈德：局部作用的糖皮质激素，主要用于回盲部及右半结肠的炎症性肠病。它全身副作用相对较小，因为在肝脏首过代谢作用较强，进入全身血液循环的量较少。
免疫抑制剂：
硫唑嘌呤：常用于激素治疗无效或依赖的患者以及病情缓解后的维持治疗。一般需要服用数月甚至数年，可能会出现骨髓抑制等不良反应，如白细胞减少等，所以需要定期监测血常规。巯嘌呤：与硫唑嘌呤作用机制相似，也可用于炎症性肠病的治疗，同样要注意骨髓抑制等副作用。
手术治疗
手术适应证：
严重并发症：当炎症性肠病出现大出血、肠穿孔等严重并发症时，往往需要手术治疗。例如大量肠道出血经保守治疗无法控制时，就需要通过手术来止血和修复肠道。药物治疗无效：对于经规范药物治疗后效果不佳，病情持续进展的患者，也可考虑手术。有些患者对多种药物治疗都不敏感，病情反复，严重影响生活质量，此时手术可能是改善病情的选择。
手术方式：
结肠切除术：适用于病变广泛的溃疡性结肠炎患者。手术切除病变的结肠部分，根据病情可能还会进行回肠造口等后续处理，但现在也有更微创的手术方式和更合理的肠吻合技术来尽量保留肠道功能。回肠-结肠吻合术：对于克罗恩病的部分患者，如果病变局限在回肠和结肠，可考虑这种手术方式，恢复肠道的连续性，但术后仍有复发的可能。
生物制剂治疗
常见生物制剂：
英夫利西单抗：是一种抗肿瘤坏死因子α的单克隆抗体，对于中重度克罗恩病和溃疡性结肠炎有较好的疗效。一般需要静脉输注，初始剂量有一定的规范，如第0、2、6周给予5毫克/千克的剂量，然后每8周维持一次。但使用生物制剂可能会增加感染的风险，比如增加结核感染的可能性，所以使用前需要进行结核等感染筛查。阿达木单抗：也是抗肿瘤坏死因子α的生物制剂，可皮下注射，用于治疗炎症性肠病，同样要注意感染等相关不良反应。