巧克力囊肿是否能自愈需视情况而定。对于老年患者，通常可自愈；而年轻患者且病情严重时，一般难以自愈，常需根据病情选择合适治疗方法。
一、可以自愈的情况：巧克力囊肿是子宫内膜异位症常见类型，即卵巢内有子宫内膜组织生长并形成含巧克力样液体的囊肿，会引发痛经、肛门坠痛、月经异常等症状。老年女性发病时，体内雌激素水平降低，绝经后巧克力囊肿会萎缩，有可能不治疗而自愈。
二、不可以自愈的情况：年轻女性且巧克力囊肿较大时，会受体内雌激素和孕激素影响，月经期间雌孕激素波动大，引起周期性腹痛，使巧克力囊肿发生相应变化且呈进行性加重，这种情况下通常难以自愈。发病期间可在医生指导下使用黄体酮软胶囊、米非司酮片、地诺孕素片等药物治疗，严重者可考虑巧克力囊肿剔除术、患侧附件切除术等方式来控制病情进展。
巧克力囊肿患者应遵医嘱选择合适治疗方法，同时要注重生活质量，保持良好卫生习惯。
总结：巧克力囊肿自愈情况因人而异，老年患者可能自愈，年轻且病重患者一般不能，要根据具体情况选择治疗手段，患者还需注意生活方面的配合。