巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，通常不会自行消失。它是异位的子宫内膜在卵巢内生长，形成单个或多个囊肿，内含暗褐色黏糊状陈旧血，像巧克力样。
小范围病灶情况
若巧克力囊肿较小，部分女性可能无明显症状，但也不会自愈。病灶会持续存在，且有逐渐发展的可能，可能会因激素变化等因素使囊肿逐渐增大。
中等大小病灶情况
当囊肿大小处于中等时，一般也不会自行消退。随着时间推移，可能会出现痛经、月经异常等表现，病灶会持续对周围组织产生影响，如压迫周围器官等。
较大病灶情况
较大的巧克力囊肿更不会自愈。此时症状往往较明显，如严重痛经、不孕等情况可能出现，病灶持续存在会不断进展，对生殖系统等造成更严重的不良影响。
特殊人群情况
对于育龄期女性，巧克力囊肿若不干预，会影响生育功能，因为它可能破坏卵巢组织、影响排卵等。而对于接近绝经期的女性，虽然绝经后激素水平下降可能使囊肿生长缓慢，但也不会自愈，只是生长速度可能变缓，不过仍可能存在相关不适症状。