巧克力囊肿是否能自愈需视情况而定。对于老年患者一般可自愈，而年轻且病情严重者通常难以自愈，常需根据病情选择合适的治疗方式。
一、可以自愈的情况：巧克力囊肿是子宫内膜异位症常见类型，即卵巢内有子宫内膜组织生长并形成含巧克力样液体的囊肿，会引发痛经、肛门坠痛、月经异常等表现。老年女性发病时，体内雌激素水平降低，绝经后巧克力囊肿会因雌激素缺乏而出现萎缩，有可能自愈。
二、不可以自愈的情况：年轻女性且巧克力囊肿较大时，会受体内雌激素与孕激素影响，月经期间其波动大，引起周期性腹痛，导致巧克力囊肿发生相应变化且呈进行性加重，这种情况下通常无法自愈。发病期间可在医生指导下使用黄体酮软胶囊、米非司酮片、地诺孕素片等药物治疗，严重时可考虑通过巧克力囊肿剔除术、患侧附件切除术等方式处理来控制病情进展。
巧克力囊肿患者应遵医嘱选择合适的治疗方法，同时要注重生活质量，保持自身卫生，养成良好卫生习惯。
总结概况提示：文章阐述了巧克力囊肿能否自愈的两种不同情况，以及相应的治疗方法和注意事项，关键信息为老年患者可能自愈、年轻严重者不自愈需治疗以及患者的注意要点。