晚上遗精后尿道特别疼，可能是由多种原因引起的。比如，可能是因为遗精过程中，尿道受到一定的刺激，或者本身存在尿道炎症等问题。一般来说，这种情况可能与生殖泌尿系统的炎症等因素相关。
一、尿道炎因素
尿道炎导致：如果本身有尿道炎，在遗精时，精液排出可能会刺激炎症部位，从而引起尿道疼痛。尿道炎分为淋菌性尿道炎和非淋菌性尿道炎等。淋菌性尿道炎主要是由淋病奈瑟菌感染引起，而非淋菌性尿道炎多由衣原体、支原体等感染所致。伴随症状：除了尿道疼痛，尿道炎患者还可能出现尿道分泌物增多，比如淋菌性尿道炎会有脓性分泌物，非淋菌性尿道炎分泌物一般为稀薄浆液性。
二、精囊炎因素
精囊炎影响：精囊炎也可能导致这种情况。精囊炎通常是由于细菌感染等引起，精囊与尿道等结构相邻，当精囊炎发作时，遗精过程中精囊收缩等可能会牵连尿道，引发疼痛。急性精囊炎患者还可能伴有发热、寒战等全身症状，慢性精囊炎可能会出现会阴部隐痛等表现。精液外观：精囊炎患者的精液可能会出现血性精液，也就是精液中带有血液。
三、前列腺炎因素
前列腺炎关联：前列腺炎也有一定可能性。前列腺炎分为急性细菌性前列腺炎、慢性细菌性前列腺炎、慢性非细菌性前列腺炎等。当前列腺有炎症时，遗精时前列腺的收缩等可能会刺激尿道，导致疼痛。急性细菌性前列腺炎患者会有高热、寒战等全身症状，同时伴有尿频、尿急、尿痛等排尿症状；慢性前列腺炎患者可能会有骨盆区域疼痛，疼痛可放射至尿道等部位。排尿异常：前列腺炎患者除了尿道疼痛，还可能出现尿频、尿急，排尿时尿道灼热感等情况。如果出现晚上遗精后尿道特别疼的情况，建议及时就医，进行相关检查，如尿常规、前列腺液常规、精液常规等，以明确病因，然后在医生的指导下进行相应的治疗。同时，要注意保持生殖器官的清洁卫生，避免过度性生活等。