治疗扁平疣的药膏有多种，常见的如维A酸类药膏。维A酸类药膏能调节表皮细胞的增殖和分化，一般需要连续使用数周才能看到效果。
水杨酸类药膏
水杨酸软膏： 水杨酸有一定的角质剥脱作用，可帮助去除扁平疣表面的角质层。使用时要注意，避免用于皮肤破损处，而且对于皮肤敏感的人可能会有刺激反应，使用后若出现红肿、疼痛等不适要停止使用。一般每天外用1 - 2次，涂抹时要薄涂。复方水杨酸苯甲酸搽剂： 其中含有水杨酸等成分，对扁平疣有一定的治疗作用。使用时需注意避免接触眼睛和黏膜，儿童要谨慎使用，因为其刺激性可能相对较强。
干扰素凝胶类
重组人干扰素α - 2b凝胶： 它是通过调节免疫来发挥作用的。它可以增强机体的抗病毒免疫能力，从而抑制扁平疣病毒的复制。一般需要每天涂抹2 - 3次，涂抹后要注意保持局部皮肤清洁干燥，在使用过程中可能会出现局部轻度的瘙痒、灼痛等不良反应，若反应严重需停药就医。孕妇和哺乳期女性使用前要咨询医生。重组人干扰素α - 1b凝胶： 同样属于干扰素凝胶，作用机制类似，通过调节免疫来对抗扁平疣病毒。使用方法也是局部外用，每天多次涂抹，使用时要注意观察皮肤反应，儿童使用时要在成人监护下进行。
其他外用药物
咪喹莫特乳膏： 它是一种免疫调节剂，通过刺激机体产生干扰素等细胞因子来发挥抗病毒作用。一般每周使用3次，连续使用8 - 12周为一个疗程。使用时要注意避免接触正常皮肤，用药部位可能会出现红斑、糜烂等不良反应，若不良反应严重要及时就医。皮肤破损处、孕妇及哺乳期女性等要慎用。氟尿嘧啶软膏： 它是一种抗代谢药物，通过抑制细胞DNA的合成来发挥作用。但它有一定的刺激性和毒性，使用时要注意避免大面积使用，不能用于面部等皮肤薄嫩部位，儿童要禁用，使用过程中若出现严重的刺激症状如红肿、疼痛加剧等要停止使用。