治疗扁平疣的药膏有多种，常见的如维A酸类药膏。一般来说，维A酸类药膏可以通过调节细胞分化等作用来改善扁平疣症状，但具体效果因人而异。
维A酸类药膏
维A酸乳膏：它能影响上皮细胞的更新，促进表皮细胞的分化，使角质层细胞疏松而容易脱落，从而达到治疗扁平疣的目的。不过，使用时要注意避免用于皮肤破损处，而且可能会有局部刺激症状，如灼痛、红斑及脱屑等。阿达帕林凝胶：属于第三代维A酸类药物，对扁平疣也有一定的治疗作用。它可以调节毛囊皮脂腺上皮细胞的分化，减少微小粉刺的形成。使用时同样要注意避光，最好在晚间使用，因为紫外线可能会增强药物对皮肤的刺激。
抗病毒类药膏
干扰素凝胶：干扰素具有抗病毒和免疫调节作用。它可以抑制病毒的复制，增强机体的免疫功能来对抗扁平疣病毒。不过，使用干扰素凝胶可能会出现局部轻度的瘙痒、灼痛等不良反应，一般可以耐受。酞丁安乳膏：对单纯疱疹病毒、水痘 - 带状疱疹病毒以及部分乳头瘤病毒有抑制作用，从而可以用于扁平疣的治疗。使用时要注意避免接触眼睛和其他黏膜部位。
其他药膏
5 - 氟尿嘧啶软膏：它是一种抗代谢药物，通过抑制胸腺嘧啶核苷酸合成酶，阻止DNA的合成，从而发挥作用。但此药有一定的刺激性，可能会引起局部红肿、糜烂等不良反应，而且孕妇禁用。水杨酸软膏：水杨酸有促进角质剥脱的作用，能帮助去除扁平疣表面过度增生的角质，对改善扁平疣症状有一定帮助。不过，使用时要注意避免接触正常皮肤，以免引起刺激。