治疗扁平疣的药膏有多种，常用的如维A酸类药膏，像0.1%维A酸乳膏，它可以调节表皮细胞的分化和增殖，促进角质剥脱，从而改善扁平疣症状，但使用时可能会有局部刺激，如红斑、脱屑等，一般需要连续使用数周才能见效。
维A酸类药膏
0.1%维A酸乳膏： 通过影响角质形成细胞的代谢来发挥作用，不过使用初期可能会出现皮肤轻度的灼热感、瘙痒或红斑等刺激症状，一般继续用药后可逐渐消失，而且孕妇禁用该药物。他扎罗汀凝胶： 属于第三代维A酸类药物，作用机制与0.1%维A酸乳膏类似，起效相对较快，但同样可能引起局部皮肤刺激反应，使用时要避免接触正常皮肤。
水杨酸制剂
水杨酸软膏： 水杨酸能够促进角质层脱落，帮助消除扁平疣。它可以溶解角质，使扁平疣部位的角质层变薄，从而有利于病情改善。使用时要注意避免用于皮肤破损处，可能会有轻度的刺痛感。
干扰素凝胶
重组人干扰素α-2b凝胶： 它可以通过调节免疫功能来发挥作用，能够增强机体对病毒的免疫清除能力。不过使用后可能会出现局部的轻度瘙痒、灼痛等不良反应，一般比较轻微，多数人可以耐受。儿童使用时需要在医生指导下谨慎应用，因为儿童的皮肤和免疫功能与成人有差异。