治疗牙周炎常用的药物有抗生素类、抗菌斑剂等。一般来说，抗生素类药物如甲硝唑等可用于控制牙周炎的炎症，通常在确诊牙周炎后，医生会根据病情来选择合适的药物。
抗生素类药物
甲硝唑：它是常用的抗厌氧菌药物，能抑制牙周炎中常见的厌氧菌生长繁殖，从而减轻牙周组织的炎症反应。不过，孕妇及哺乳期女性要慎用，因为可能会对胎儿或婴儿产生不良影响。阿莫西林：属于广谱青霉素类抗生素，对引起牙周炎的一些需氧菌有较好的抑制作用。但对青霉素过敏的人不能使用，使用前需要进行青霉素皮试。
抗菌斑剂
氯己定含漱液：这是比较常用的抗菌斑含漱剂，它能吸附在牙表面和口腔黏膜上，持续释放药物，抑制菌斑形成。一般每天使用2 - 3次，每次含漱10 - 30秒，但长期使用可能会使牙齿和舌苔染色，不过停药后可逐渐消退。西吡氯铵含漱液：也有抑制菌斑的作用，能减少口腔中的细菌数量，使用方法相对简单，每天含漱几次即可，但同样要注意可能出现的口腔黏膜刺激等情况。
非甾体抗炎药
布洛芬：具有抗炎、镇痛、解热的作用。当牙周炎引起较明显的疼痛时，可短期服用布洛芬来缓解疼痛症状，但有消化道溃疡等疾病的患者要谨慎使用，因为可能会加重消化道溃疡病情。阿司匹林：也有一定的抗炎镇痛作用，但同样可能对胃肠道有刺激，而且儿童患病毒感染性疾病时服用阿司匹林可能会引起瑞氏综合征，所以儿童不建议使用阿司匹林来缓解牙周炎疼痛。