治疗牙周炎常用的药物主要有抗生素类、抗菌斑药物等。一般来说，甲硝唑是治疗牙周炎常用的抗生素，它能抑制厌氧菌生长，对牙周炎有一定疗效。
抗生素类药物
甲硝唑： 属于硝基咪唑类抗生素，对厌氧菌有较好的抑制作用，可用于牙周炎的治疗，能减轻牙龈的炎症、肿胀等症状。不过，孕妇及哺乳期女性要避免使用，因为可能会对胎儿或婴儿产生不良影响。阿莫西林： 是广谱青霉素类抗生素，与甲硝唑联合使用时，能增强抗菌效果，帮助控制牙周炎的感染情况。但对青霉素过敏的人不能使用阿莫西林。
抗菌斑药物
氯己定含漱液： 这是一种常见的抗菌斑药物，使用0.12% - 0.2%的氯己定含漱液漱口，每天2 - 3次，每次含漱1分钟左右，可以有效抑制牙菌斑的形成，减少牙龈的炎症。不过，长期使用氯己定含漱液可能会使牙齿和舌面染色，一般停药后可逐渐消退。碘甘油： 局部涂抹碘甘油也能起到抗菌、消炎的作用，可直接作用于牙周袋内，缓解牙周炎引起的疼痛、红肿等症状。在涂抹碘甘油时，要注意避免接触口腔黏膜的其他部位，防止引起不适。
非甾体抗炎药
布洛芬： 具有抗炎、止痛的作用，如果牙周炎患者出现较为明显的疼痛症状，可以短期服用布洛芬来缓解疼痛。但有消化道溃疡、出血病史的患者要慎用布洛芬，因为它可能会加重消化道的不适。阿司匹林： 也有一定的抗炎、止痛效果，但由于其对胃肠道的刺激相对较大，现在在牙周炎止痛方面的应用相对较少。而且儿童和青少年患病毒性感染性疾病时，服用阿司匹林可能会引起瑞氏综合征，所以儿童和青少年一般不推荐使用阿司匹林来缓解牙周炎疼痛。