手足口病的传染源主要是患者和隐性感染者。据相关研究显示，在手足口病流行期间，隐性感染者的数量可能是患者数量的数倍。
一、患者
急性期患者： 发病1周内，患者的咽部、粪便等部位可排出大量肠道病毒，具有较强的传染性。此时患者的口腔内会出现疱疹或溃疡，伴有疼痛、流涎等症状，同时可能伴有发热，这些患者是重要的传染源。恢复期患者： 发病2 - 3周后，患者粪便中仍可能持续排出病毒，但传染性相对急性期有所降低。
二、隐性感染者
无症状携带病毒者： 这类人群没有任何手足口病的临床症状，但体内携带肠道病毒，同样可以将病毒传播给他人。他们往往容易被忽视，因为自身没有不适表现，却能在不经意间把病毒传播给周围的人，尤其是接触密切的儿童等易感人群。健康携带者： 有些人虽然没有患过手足口病，但却携带肠道病毒，也可能成为传染源。他们自身不发病，但可以通过密切接触等方式将病毒传播给易感者，引发手足口病的传播。
三、动物传染源
目前认为，手足口病的动物传染源意义相对较小。虽然有报道称某些动物可能携带肠道病毒，但一般情况下，动物作为手足口病传染源的作用不如人类明显。不过，也不能完全排除动物在特定情况下传播病毒的可能性，但相较于人类患者和隐性感染者，其传播作用较弱。