手足口病的传染源主要是感染了肠道病毒的人。其中，患病的儿童是重要的传染源，尤其是在发病后的1周内传染性最强。
患者是主要传染源
发病期患儿： 处于手足口病发病期的儿童，其呼吸道分泌物、疱疹液以及粪便中都含有肠道病毒，能够通过接触、飞沫等方式将病毒传播给他人。比如一个5岁的孩子患上手足口病，在发病后的前几天，他的口腔疱疹破溃流出的液体里就带有大量病毒。隐性感染者： 有些感染了肠道病毒但没有出现明显症状的隐性感染者，也能排出病毒，成为传染源。这些人自己可能都不知道感染了病毒，但却可以把病毒传播给其他人。
传播途径相关传染源
密切接触传播相关： 与患儿共同生活的家人，像父母、兄弟姐妹等，如果接触了患儿的玩具、餐具、毛巾等物品，就有可能被感染并成为间接传染源。例如孩子用过的奶瓶，上面可能残留病毒，家长再去使用就有被传染风险。飞沫传播相关： 在人群密集的场所，比如幼儿园、学校等，患儿咳嗽、打喷嚏时产生的飞沫中含有病毒，周围的人吸入这些飞沫就可能被感染，此时患儿就是通过飞沫传播将病毒传给他人的传染源。
环境中的传染源残留
被污染的物品： 被手足口病患儿的粪便、分泌物污染的环境和物品，也能成为传染源。比如被患儿粪便污染的地面、公共设施的扶手等，在一段时间内都可能存在病毒，接触这些被污染物品的人就有感染风险。