龟头炎的治疗药物需根据病因选择，一般细菌感染引起的龟头炎可选用莫匹罗星软膏等，通常用药后数天内症状会有所改善。
细菌感染性龟头炎用药
莫匹罗星软膏： 适用于革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对部分阴性菌也有一定作用。它能抑制细菌蛋白质的合成，从而发挥抗菌功效。一般局部涂抹，使用后要保持局部清洁干燥。红霉素眼膏： 属于大环内酯类抗生素，对革兰阳性菌有较强抗菌作用，也可用于龟头炎的治疗。涂抹时要注意避免接触眼睛等其他黏膜部位。
真菌感染性龟头炎用药
克霉唑乳膏： 为抗真菌药，作用机制是抑制真菌细胞膜的合成及影响其代谢过程。可用于念珠菌性龟头炎等真菌感染引起的病症，使用时需均匀涂抹在患处。酮康唑乳膏： 对皮肤癣菌和念珠菌等有抑制作用。使用时要注意如果局部有破损、渗液等情况慎用，且用药部位如有烧灼感、红肿等应停药并洗净。
滴虫感染性龟头炎用药
甲硝唑乳膏： 主要用于厌氧菌感染和滴虫感染的治疗。它能阻碍细菌或滴虫的代谢，促使其死亡。使用时要按照说明书或医嘱使用，避免长期大面积使用。替硝唑凝胶： 对滴虫和厌氧菌有较好的抗菌活性。使用过程中要注意观察局部反应，如出现严重的瘙痒、红肿等不适要及时停药。
非感染性龟头炎用药
糖皮质激素类药膏（短期使用）： 如氢化可的松软膏，对于一些因过敏等非感染因素引起的龟头炎，短期使用可减轻炎症反应、缓解瘙痒等症状。但要注意不能长期大量使用，以免引起不良反应，比如皮肤萎缩等，一般连续使用不宜超过2周。他克莫司软膏： 属于免疫调节剂，适用于因免疫因素导致的非感染性龟头炎。使用时要注意局部可能出现的灼热、瘙痒等刺激症状，儿童使用时需谨慎评估利弊。