龟头炎的治疗药物需根据病因选择，一般细菌感染引起的龟头炎，常用抗生素类药物，如莫匹罗星软膏等，通常用药后数天内症状可改善。
细菌性龟头炎用药
莫匹罗星软膏： 属于外用抗生素，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用，可用于革兰阳性球菌引起的龟头炎。一般局部涂抹，能有效杀灭局部细菌。红霉素软膏： 也是常用的外用抗生素，对大多数革兰阳性菌、部分革兰阴性菌及一些非典型致病菌有抗菌活性，适用于细菌感染导致的龟头炎，涂抹后能减轻炎症。
念珠菌性龟头炎用药
克霉唑乳膏： 为抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的合成及影响其代谢过程来发挥抗真菌作用，可用于念珠菌感染引起的龟头炎，涂抹后能抑制念珠菌生长。咪康唑乳膏： 同样是抗真菌药，对念珠菌有良好的抗菌活性，能有效治疗念珠菌性龟头炎，局部外用可缓解瘙痒、红肿等症状。
滴虫性龟头炎用药
甲硝唑： 是治疗滴虫感染的常用药物，属于硝基咪唑类衍生物，能阻碍滴虫的氮代谢，抑制其生长繁殖，可用于滴虫性龟头炎的治疗，一般需要在医生指导下合理使用。替硝唑： 也可用于滴虫感染相关疾病的治疗，其作用机制与甲硝唑类似，对滴虫有较好的杀灭作用，对于滴虫性龟头炎有一定的疗效。
需注意的情况
过敏人群： 如果对上述药物中的成分过敏，则不能使用相应药物，否则会引发过敏反应，如皮疹、瘙痒加剧等。特殊人群： 糖尿病患者若发生龟头炎，要注意控制血糖，因为高血糖环境利于细菌、真菌滋生，会影响龟头炎的治疗效果，需在控制血糖的基础上规范使用药物治疗龟头炎。