地图舌的病因目前尚未完全明确，可能与多种因素有关。一般认为，遗传因素可能是一个方面，有研究显示约有10%~30%的地图舌患儿有家族史。另外，免疫因素也可能参与其中，当机体免疫力发生变化时，可能影响舌黏膜的状态从而引发地图舌。
遗传因素相关
家族遗传倾向： 有调查发现，如果家族中有成员患有地图舌，那么其他家族成员患地图舌的概率相对会增高。比如一个家庭中父母都有地图舌，他们的子女患地图舌的可能性比普通人群要高一些。基因关联： 目前虽然还没有完全明确具体是哪些基因起作用，但已经发现某些基因的突变或表达异常可能与地图舌的发生存在关联，不过这还需要更多深入的研究来进一步阐明。
免疫因素相关
免疫力波动影响： 当人体免疫力下降时，比如在感冒发烧、过度劳累等情况下，舌黏膜的免疫防御功能可能受到影响，就容易出现地图舌。例如，长期熬夜的人，身体免疫力处于相对较低的状态，就更易受到地图舌的“青睐”。自身免疫反应： 部分学者认为可能存在自身免疫反应参与地图舌的发病过程。机体的免疫系统错误地攻击舌黏膜组织，导致舌黏膜出现像地图一样的改变，不过具体的免疫反应机制还有待更深入探究。
其他因素相关
营养缺乏影响： 若体内缺乏某些维生素，如维生素B族等，可能会引发地图舌。比如长期挑食、偏食的人，很容易出现维生素摄入不足的情况，进而增加患地图舌的风险。像缺乏维生素B2时，就可能影响舌黏膜的正常代谢，导致地图舌的发生。口腔局部刺激： 口腔内的一些不良刺激也可能诱发地图舌。例如口腔内有龋齿、牙结石等，长期刺激舌黏膜，就可能打破舌黏膜的正常状态，引发地图舌。另外，刷牙方式不当，过度用力刷牙损伤舌黏膜，也可能成为诱因之一。