儿童抽动症的病因目前尚未完全明确，可能与遗传因素、神经生物学因素以及心理社会因素等有关。有研究表明，约50% - 60%的抽动症儿童有家族遗传史，若一级亲属中有患抽动症的情况，儿童患病风险会增加。
遗传因素方面
基因遗传倾向： 抽动症具有一定的遗传易感性，相关基因的突变或多态性可能会增加儿童患抽动症的几率。比如某些与神经递质调控相关的基因发生变异时，就可能影响神经信号的传递，从而引发抽动症状。家族聚集现象： 如果家族中有成员曾被诊断为抽动症，那么家族中其他儿童患抽动症的可能性比普通人群要高。有统计显示，在有抽动症家族史的家庭中，儿童发病概率比无家族史的儿童高2 - 3倍。
神经生物学因素方面
神经递质失衡： 大脑中的多巴胺、去甲肾上腺素、5 - 羟色胺等神经递质的失衡可能与抽动症有关。例如多巴胺功能亢进时，可能会导致肌肉不自主地抽动。研究发现，抽动症儿童脑内纹状体部位的多巴胺受体结合力发生改变，使得多巴胺信号传递异常，进而引发抽动症状。大脑结构异常： 部分抽动症儿童的大脑结构存在一些细微的异常，比如基底节区域的体积、形态等可能与正常儿童有所不同。基底节在运动调节等方面起着重要作用，其结构异常会影响正常的神经调控，导致抽动症状出现。
心理社会因素方面
心理压力过大： 长期处于紧张、焦虑、压力大的环境中的儿童，更容易出现抽动症。比如学习压力过大，考试频繁、作业负担重等情况，会让儿童心理负担加重，从而诱发或加重抽动症状。有调查发现，在学业压力较大的学校中，抽动症儿童的比例相对较高。家庭环境影响： 不良的家庭环境也可能是诱因之一。如父母关系紧张、经常争吵、家庭氛围不和谐等，会给儿童带来心理创伤，影响其神经系统的发育和调节，增加患抽动症的风险。例如父母离异后的儿童，相比家庭关系和睦的儿童，患抽动症的概率明显升高。