儿童抽动症的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与遗传因素、神经生化因素以及心理社会因素等有关。有研究显示，约50% - 60%的抽动症患儿有家族遗传史，若一级亲属中有患抽动症的情况，儿童发病风险会增加。
遗传因素方面
基因遗传倾向： 抽动症具有一定的遗传易感性，相关基因的突变或多态性可能会增加儿童患抽动症的几率。比如某些与神经递质调控相关的基因发生变异时，就可能影响神经系统的正常功能，从而引发抽动症状。家族聚集现象： 如果家族中有成员曾患有抽动症，那么家族中的儿童相对其他人群来说，更有可能受到遗传因素的影响而患上抽动症。
神经生化因素方面
神经递质失衡： 大脑中的神经递质如多巴胺、去甲肾上腺素、5 - 羟色胺等的失衡可能与抽动症有关。例如多巴胺代谢异常，导致多巴胺功能亢进，就可能引发肌肉不自主的抽动表现。研究发现，患儿脑内纹状体多巴胺受体超敏，使得多巴胺递质传递过度，从而出现抽动症状。神经递质调控异常： 除了多巴胺，其他神经递质如去甲肾上腺素和5 - 羟色胺等的调控也可能出现问题。这些神经递质在调节神经细胞的活动、情绪以及运动控制等方面发挥着重要作用，它们的异常调控会干扰神经系统的正常功能，进而导致抽动症的发生。
心理社会因素方面
精神压力过大： 当儿童面临较大的精神压力时，比如学习负担过重、家庭关系紧张、受到惊吓或创伤等情况，都可能诱发或加重抽动症状。例如有的儿童在学校因为成绩不理想而长期处于焦虑状态，就可能出现抽动症的表现。生活环境变化： 突然的生活环境变化，如搬家、转学、亲人离世等，会给儿童带来心理上的冲击，使他们的心理适应能力受到挑战，也可能成为引发抽动症的因素之一。比如有的儿童转学后，由于不适应新的校园环境和人际关系，出现了抽动的症状。