直肠炎的治疗药物需根据病因选择，一般来说，常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。比如轻中度溃疡性直肠炎常可选用美沙拉嗪等氨基水杨酸制剂，而对于重度直肠炎可能会用到糖皮质激素如泼尼松等。
氨基水杨酸制剂类药物
美沙拉嗪： 这类药物可以抑制炎症介质的产生，减轻直肠黏膜的炎症反应。它有口服制剂，也有栓剂。口服的美沙拉嗪一般适用于全结肠型直肠炎，栓剂则直接作用于直肠局部，对于单纯直肠炎症效果较好。柳氮磺吡啶： 也是常见的氨基水杨酸制剂，它在肠道内分解为5-氨基水杨酸和磺胺吡啶，5-氨基水杨酸发挥抗炎作用。但部分患者可能对磺胺吡啶过敏，使用前需做皮试。
糖皮质激素药物
泼尼松： 属于全身性应用的糖皮质激素，当直肠炎病情较重，氨基水杨酸制剂效果不佳时，可考虑使用。不过长期使用糖皮质激素会有较多副作用，像骨质疏松、免疫力下降等，所以需要在医生严密监测下使用。氢化可的松琥珀酸钠： 可以通过静脉滴注等方式给药，对于急性重度直肠炎患者，能快速发挥抗炎作用，缓解症状，但同样要注意其可能带来的不良反应。
益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片： 能调节肠道菌群，直肠炎患者肠道菌群往往失调，补充双歧杆菌等有益菌可以改善肠道微生态环境，辅助治疗直肠炎。它可以在饭后用温水送服。枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和屎肠球菌等有益菌，能促进肠道有益菌生长，抑制有害菌繁殖，有助于维持肠道正常的生理功能，对直肠炎的康复有一定帮助，儿童也可以在医生指导下使用该药物来调节肠道菌群。