疲劳综合征常见的症状有很多，其中最典型的是持续或反复发作的疲劳感，这种疲劳感通常休息后也难以缓解，而且可能会持续至少6个月以上。
身体方面的症状
肌肉酸痛： 很多疲劳综合征患者会出现全身肌肉酸痛的情况，尤其是在四肢肌肉比较明显，这种酸痛感可能会在日常活动时加重，比如走路、爬楼梯等都会让肌肉酸痛更明显。睡眠障碍： 约有70% - 90%的疲劳综合征患者存在睡眠问题，可能表现为入睡困难、睡眠浅易醒、多梦等。长期的睡眠障碍又会进一步加重疲劳感，形成恶性循环。
神经系统相关症状
记忆力减退： 患者常常会感觉自己记忆力不如以前，比如忘记刚刚发生的事情、丢三落四等，在工作或学习中会受到一定影响，原本熟悉的知识或任务完成起来变得困难。注意力不集中： 很难长时间集中注意力做一件事情，例如工作时容易走神，看书时看了很久却不知道内容讲了什么。
其他系统症状
消化系统症状： 部分患者会出现消化系统方面的问题，像食欲不振、腹胀、消化不良等。有的患者饭量明显减少，吃一点东西就觉得肚子饱了，而且食物不容易消化，总是感觉肚子胀胀的。免疫系统相关症状： 容易反复出现感冒等感染性疾病，因为疲劳综合征可能会影响免疫系统功能，使身体的抵抗力下降，所以比正常人更频繁地受到病毒或细菌的侵袭。