治疗卵巢巧克力囊肿的方法主要有以下几种：
1.药物治疗：通过口服药物来抑制卵巢功能、缓解痛经等症状。
孕激素：可使子宫内膜萎缩，缓解痛经。
避孕药：通过抑制排卵、减少月经量，缓解痛经。
GnRH-a：即促性腺激素释放激素激动剂，可抑制卵巢功能，缓解病情。
2.手术治疗：手术治疗的目的主要是去除囊肿，恢复卵巢功能，缓解症状。手术方法包括腹腔镜手术和开腹手术。
腹腔镜手术：是一种微创手术，通过在腹部插入腹腔镜器械进行手术。具有创伤小、恢复快等优点。
开腹手术：是一种传统的手术方法，通过在腹部做较大的切口进行手术。手术视野较开阔，但创伤较大，恢复较慢。
3.介入治疗：通过介入手段，将药物直接注入囊肿内，使囊肿萎缩、消失。
4.其他治疗：如中医治疗、心理治疗等，可作为辅助治疗方法。
需要注意的是，治疗方法的选择应根据患者的年龄、症状、囊肿大小、生育要求等因素综合考虑。在治疗过程中，患者应积极配合医生的治疗，注意休息，保持良好的心态。