治疗卵巢巧克力囊肿一般会采用以下方法：
1.药物治疗：
口服避孕药：通过抑制排卵、减少月经量，缓解痛经等症状。
孕激素：可使异位的子宫内膜蜕膜化和萎缩，缓解病情。
高效孕激素：可对抗雌激素，使异位的子宫内膜发生类似绝经后的改变。
2.手术治疗：
保守性手术：保留卵巢功能，只切除病灶，术后需配合药物治疗。
半根治性手术：切除子宫及病灶，但会影响卵巢功能，术后需激素替代治疗。
根治性手术：切除子宫、双侧附件及病灶，适用于更年期妇女。
3.介入治疗：
超声引导下卵巢巧克力囊肿穿刺术：可抽出囊液，减轻囊肿对卵巢的刺激，但术后易复发。
射频消融术：通过高温破坏囊肿组织，达到治疗目的。
4.中医治疗：
中药调理：可缓解症状，调节内分泌，但疗程较长。
针灸：可在一定程度上缓解痛经等症状。
需要注意的是，治疗方法的选择应根据患者的年龄、症状、囊肿大小、生育要求等因素综合考虑。在治疗过程中，患者应积极配合医生，注意休息，保持良好的心态。此外，定期复查也非常重要，以便及时发现病情变化，调整治疗方案。