皮脂腺囊肿主要是由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。一般来说，皮脂腺分泌旺盛且排泄不畅是其主要成因。
毛囊皮脂腺导管堵塞
毛孔堵塞： 皮肤表面的毛孔如果被灰尘、角质等物质堵塞，皮脂腺分泌的皮脂就难以正常排出。比如日常清洁不彻底时，角质层细胞堆积可能会堵塞毛囊皮脂腺导管。据统计，约有40% - 50%的皮脂腺囊肿患者存在不同程度的毛孔堵塞情况。毛囊角化异常： 毛囊部位的角化异常会导致导管口径变小、狭窄或阻塞，进而影响皮脂的排出。例如一些患有毛囊角化症的人群，更容易出现皮脂腺导管的问题，使得皮脂腺囊肿的发生风险增加。
皮脂腺分泌旺盛
青春期因素： 青春期时，体内雄激素水平升高，会促使皮脂腺活性增强，分泌大量皮脂。据研究，青春期人群皮脂腺囊肿的发生率比其他年龄段高出2 - 3倍。这是因为雄激素能刺激皮脂腺的增生和分泌，使得皮脂分泌量大幅增加。饮食因素： 长期食用高糖、高脂肪类食物也会导致皮脂腺分泌旺盛。比如经常吃油炸食品、蛋糕、巧克力等，会使皮脂腺分泌过多皮脂，增加皮脂腺囊肿的形成几率。有调查发现，每天摄入高糖高脂食物超过一定量（如每天摄入糖分超过50克，脂肪超过60克），皮脂腺囊肿的发病风险会明显上升。
局部皮肤炎症刺激
痤疮相关炎症： 痤疮患者由于毛囊及周围组织发生炎症反应，会影响皮脂腺导管的正常功能。炎症会导致导管周围组织增生、狭窄，从而阻碍皮脂排出，引发皮脂腺囊肿。临床观察显示，约60%的痤疮患者在病情发展过程中可能会并发皮脂腺囊肿。皮肤外伤感染： 皮肤受到外伤后如果发生感染，炎症会波及皮脂腺导管。例如皮肤擦伤后没有得到及时有效的处理，细菌等病原体入侵，会引起导管周围组织的炎症反应，导致导管阻塞，进而形成皮脂腺囊肿。有数据表明，皮肤外伤后未正确处理而发生感染的人群，皮脂腺囊肿的发生率比皮肤完好人群高1.5倍左右。