肠胃神经官能症的症状多样，常见的有消化系统相关症状以及精神心理方面的表现。一般来说，其消化系统症状中，约有半数以上的患者会出现食欲减退的情况，有的人还会有反酸、嗳气等表现。
消化系统方面的症状
腹痛表现： 腹痛是比较常见的症状之一，疼痛部位不固定，多数在脐周附近，疼痛程度轻重不一，一般不会过于剧烈，常在进食后加重，但在排便、排气后可有所缓解。腹胀情况： 患者常感觉腹部胀满不适，尤其在进食后腹胀感更为明显，有时可自行缓解，也可能持续较长时间。
精神心理方面的症状
焦虑表现： 部分患者会伴有焦虑情绪，表现为心情紧张、不安，总是担心自己的肠胃问题，可能会过分关注身体的细微变化，比如对排便情况、腹部不适等过度担忧。抑郁表现： 有的患者会出现抑郁症状，表现为情绪低落、对周围事物缺乏兴趣、精神萎靡，可能还会伴有睡眠障碍，如入睡困难、多梦、易醒等。
其他相关症状
排便习惯改变： 有的患者会出现便秘，大便干结、排便困难，间隔时间延长；而有的患者则会出现腹泻，大便次数增多，粪便多为稀糊状，甚至水样便，但粪便中无脓血及黏液。恶心呕吐症状： 部分患者会有恶心的感觉，严重时可能会出现呕吐，不过呕吐物多为胃内容物，呕吐后腹部不适可能会暂时有所减轻。