珍珠状丘疹的具体病因目前还不完全明确，一般认为可能与局部刺激、生理发育变异等因素有关。有研究发现，包皮过长、个人卫生状况差等局部刺激因素可能会对阴茎冠状沟部位产生影响，从而增加珍珠状丘疹出现的几率。
局部刺激因素：
包皮过长影响：包皮过长的男性，包皮内板与阴茎头之间会形成包皮垢，长期的包皮垢刺激可能是引发珍珠状丘疹的一个因素。比如，有调查显示，包皮过长人群中珍珠状丘疹的发生率相对较高。卫生习惯问题：不注意个人卫生，阴茎局部清洁不到位，污垢长期堆积，也可能对阴茎局部皮肤产生刺激，进而可能促使珍珠状丘疹的形成。像一些不经常清洗阴茎的男性，就存在更高的患病风险。
生理发育变异：
解剖结构相关：从生理发育角度来看，阴茎冠状沟部位的生理结构特点可能与珍珠状丘疹的形成有关。部分男性由于自身的生理发育变异，使得局部组织出现这种珍珠状的小丘疹表现。这种生理发育变异是个体自身的一种特殊情况，并非由外部疾病感染等明确因素导致，而是自身发育过程中的一种表现。皮脂腺异位可能：还有一种观点认为，珍珠状丘疹可能与皮脂腺异位有关。阴茎冠状沟部位的皮脂腺分布等情况的变异，可能会导致类似珍珠状丘疹的外观表现。不过这还需要进一步的研究来明确其具体的关联机制，但从生理发育变异的角度可以作为一个相关因素来考虑。